備忘録企業から購入したWindows11インストール済みPCのOSをUbuntu22.04に変更し、機械学習用の環境構築を進めていたところ...nvidia-diriverの変更時に突然ターミナルがピンク色になってパニックに。UEFI BIOSのSecure Boot設定が有効になっているためドライ…

目的 学生ゼミの課題を題材にVS Codeを用いたサーバーへのログインDockerでの作業手順のチュートリアルを作成する。Tiny imagenetについてはスタンフォード大の以下のページを参照してください。 cs231n.stanford.edu Tiny ImageNet https://medium.com/@lok…

ある生物の神経細胞画像データを機械学習解析で使える形として抽出する。アノテーションのデータがMATLABで解析されたファイルで与えられていた。 github.com figshare.com .matファイルから辞書データとして抜き出したところ、細胞の形が中心の座標と三次元…

チュートリアルが動かない？意味ねえじゃん 結論から言うと最初の実行セルを !pip install segmentation-models-pytorch # !pip install pytorch-lightning==1.5.4 !pip install pytorch-lightning==1.9.5 と変更すればよかった。 以下のチュートリアルをgoo…

かなり久々の更新。matplotlibとpythonで統計誤差、系統誤差を描写する簡単なスクリプト こんな感じの図が書けます(今回は横軸Event No、縦軸が測定値や誤差など) 統計誤差を棒、系統誤差をboxで描写 Eventごとに統計誤差、系統誤差が異なる場合の絵ですね。…

手作業でAnnotationなんてやってられるか！！！ ということで、画像処理でcoco formatのjsonを作るscriptを書きました。 簡易的なのでぜひ改造して使ってください。ただしMask情報が二値化画像で取得できている前提です。 そもそも二値化できるなら物体検出…

サーバーがメンテナンス等を終えたあと再びsshで接続しようとするとこんなエラーにでくわすことがあります。 % ssh hogehoge @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ @ WARNING: POSSIBLE DNS SPOOFING DETECTED! @ @@@@@@@@@@@@@@@@@…

python version import numpy as np import cv2 import os import glob import sys import re args = sys.argv filename1 = args[1] filename2 = args[2] outname = args[3] if __name__ == "__main__": new_dir = outname + "/" os.makedirs(new_dir, exist…

Docker imageを作成しました。Dockerhubでも公開しています。 https://hub.docker.com/repository/docker/salt22g/docker-rpgこちらの記事でも書きましたが、環境構築というのはとても面倒で、パッケージのversionが変わると不具合があったり、何度繰り返し…

pythonのglob.globによるファイル名の一括取得。便利ですよね。 glob君に任せ切りにしていたら一瞬迷ったのでメモとして残します。 全然大した話ではないのですし、もっと良いやり方があるかもしれません。 2020/05/17 15:20 追記 os.path.basename() これで…

Docker image作成時に起きたlocaleに関するerrorを解決しました。 ググっても「Ubuntuの日本語化」に記事ばかりで遠回りになってしまい、しばらくうまく行きませんでした。 最終的に解決法がわかったのでこの記事に書いておきます。 環境 hostOS: macOS & ub…

最近研究でDockerを使うようになり、Linuxサーバー上で実行環境を作成するなどしていました。 使っているうちに「Docker面白いな」と感じたので手持ちのMac上でも使えるようにして詳しくなりたいと思った次第です。Dockerのクジラ可愛い Dockerとはなんぞ。 …

とあるDocker imageをbuildしようとしていたところ… opencvのbuild中にerrorがDockerfileはこんな感じ… FROM ubuntu:18.04 --中略-- # install & build opencv RUN git clone https://github.com/opencv/opencv.git ~/opencv RUN git clone https://github.c…

Geant4のフレームワークをcmakeしようとしたところここでエラーが… Failed to find "gl.h" in CMake Error at /usr/local/opt/qt/lib/cmake/Qt5Gui/Qt5GuiConfigExtras.cmake:9 (message): Failed to find "gl.h" in "/System/Library/Frameworks/OpenGL.fra…

Macの開発環境整備「研究を始めたいけどどうやってツールを入れればいいかわからん!」 「ググっても専門用語と余計な知識が多すぎる!」 そんな初心者Macユーザーの皆さんにこの記事の使えるところを切り取って使っていただければ嬉しいです。全体は長い記事…

最近、Linuxサーバーにsshで接続し、その中でDockerを走らせてpytorchを使っている筆者です。 (何を言ってるのか分からねぇと思うが…)proxy環境下での開発環境整備やDocker imageの作成で苦戦したのですが徐々に理解が進んでいます。 その辺りはいずれ記事に…

最近Linuxサーバー上で仕事することが増えたため備忘録として残します。 随時加筆予定 環境 Ubuntu 18.04(Docker) 下準備 qiita.comプロキシ環境下なので こちらの記事を参考に~/.wgetrcを作成し以下を記入 http_proxy=http://${xxx.xxx.xxx.xxx}:${pp}/ htt…

結論から言うとemacsを再インストールしたら直りました。「SSH先の画像を表示したいのでXQuartz入れよー。」 www.xquartz.org と言うことでいつも通りhomebrewにお願いした。brew.sh brew cask install xqurtzなんかimagemagickとやらがいるらしいのでこいつ…