目的 学生ゼミの課題を題材にVS Codeを用いたサーバーへのログインDockerでの作業手順のチュートリアルを作成する。Tiny imagenetについてはスタンフォード大の以下のページを参照してください。 cs231n.stanford.edu Tiny ImageNet https://medium.com/@lok…

ある生物の神経細胞画像データを機械学習解析で使える形として抽出する。アノテーションのデータがMATLABで解析されたファイルで与えられていた。 github.com figshare.com .matファイルから辞書データとして抜き出したところ、細胞の形が中心の座標と三次元…

チュートリアルが動かない？意味ねえじゃん 結論から言うと最初の実行セルを !pip install segmentation-models-pytorch # !pip install pytorch-lightning==1.5.4 !pip install pytorch-lightning==1.9.5 と変更すればよかった。 以下のチュートリアルをgoo…

かなり久々の更新。matplotlibとpythonで統計誤差、系統誤差を描写する簡単なスクリプト こんな感じの図が書けます(今回は横軸Event No、縦軸が測定値や誤差など) 統計誤差を棒、系統誤差をboxで描写 Eventごとに統計誤差、系統誤差が異なる場合の絵ですね。…

手作業でAnnotationなんてやってられるか！！！ ということで、画像処理でcoco formatのjsonを作るscriptを書きました。 簡易的なのでぜひ改造して使ってください。ただしMask情報が二値化画像で取得できている前提です。 そもそも二値化できるなら物体検出…

python version import numpy as np import cv2 import os import glob import sys import re args = sys.argv filename1 = args[1] filename2 = args[2] outname = args[3] if __name__ == "__main__": new_dir = outname + "/" os.makedirs(new_dir, exist…

Docker imageを作成しました。Dockerhubでも公開しています。 https://hub.docker.com/repository/docker/salt22g/docker-rpgこちらの記事でも書きましたが、環境構築というのはとても面倒で、パッケージのversionが変わると不具合があったり、何度繰り返し…

pythonのglob.globによるファイル名の一括取得。便利ですよね。 glob君に任せ切りにしていたら一瞬迷ったのでメモとして残します。 全然大した話ではないのですし、もっと良いやり方があるかもしれません。 2020/05/17 15:20 追記 os.path.basename() これで…

Macの開発環境整備「研究を始めたいけどどうやってツールを入れればいいかわからん!」 「ググっても専門用語と余計な知識が多すぎる!」 そんな初心者Macユーザーの皆さんにこの記事の使えるところを切り取って使っていただければ嬉しいです。全体は長い記事…